Segundo a Receita Federal, as principais irregularidades são falta de documentos, excesso de faturamento, débitos tributários, parcelamentos pendentes ou o exercício pela empresa de atividades não incluídas no Simples Nacional.
Periodicamente, a Receita verifica se as empresas estão de acordo com as condições de enquadramento no Simples Nacional. Quando o estabelecimento apresenta irregularidades, o órgão envia cartas com o aviso de exclusão. O micro e pequeno empresário que recebeu o termo de aviso pode pedir orientações ao Serviço Brasileiro de Apoio às Micro e Pequenas Empresas (Sebrae), para elaborar um plano de recuperação dos negócios.
O processo de regularização deve ser feito por meio do Centro Virtual de Atendimento ao Contribuinte da Receita Federal (e-CAC) , requerendo certificado digital ou código de acesso. O devedor pode pagar à vista, abater parte da dívida com créditos tributários (recursos que a empresa tem direito a receber do Fisco) ou parcelar os débitos em até cinco anos com o pagamento de juros e multa.